１．自然基質(zhì)保藏法 保藏香菇、木耳、平菇、猴頭菇等木腐菌用木屑麩皮培養(yǎng)基，其成分為：木屑７８％、麩皮２０％、石膏１％、磷肥１％。保藏草菇等草腐菌采用草粉麩皮培養(yǎng)基，即將木屑麩皮培養(yǎng)基中的木屑換成草粉。保藏蘑菇等類草腐生菌采用廄肥配方。按上述配方將料充分拌勻后，調(diào)整ＰＨ值、含水量至所保藏菌種的適應(yīng)范圍，即可裝入試管，裝量為試管高度的１／２。高壓滅菌１小時(shí)，冷卻后接入所需保藏的菌種。待菌絲吃料２～３厘米后，取出接種塊，用石蠟熔封管口置黑暗、低溫、干燥處保藏，常溫下可保藏１年。 

        ２．風(fēng)干子實(shí)體保藏法 大多數(shù)食用菌子實(shí)體在失水狀態(tài)下會停止生長而進(jìn)入休眠狀態(tài)，當(dāng)環(huán)境適宜時(shí)又會恢復(fù)活力。根據(jù)這一原理，可采取保藏子實(shí)體的辦法來保藏菌種。具體做法是：選生長健壯、無病蟲害的幼嫩子實(shí)體及時(shí)風(fēng)干，用防潮紙包好，放入裝有生石灰的塑料袋中，置干燥處保藏，可保存１～２年。取用時(shí)，用蒸餾水將所保藏的子實(shí)體泡發(fā)，待恢復(fù)自然狀態(tài)后，稍加風(fēng)干，即可按組織分離法來分離菌種。

         ３．風(fēng)干菇耳木保藏法 將所要保藏的菌種按段木栽培食用菌的辦法接入適生樹種中，當(dāng)菌絲發(fā)好后，鋸取生長良好的一段，置陰涼處風(fēng)干，懸掛在通風(fēng)處，防止日曬、雨淋。在失水狀態(tài)下，菇耳木內(nèi)的菌絲可存活１年以上。需種時(shí)，按菇耳木分離菌種的辦法即可得到純菌種。